Das Zwischenverfahren beginnt mit der Erhebung der Anklage durch die Bußgeld- und Strafsachenstelle (BuStra) oder die Staatsanwaltschaft nach Abschließung der Ermittlungen. Das heißt, dass die Anklageschrift samt Akten durch die Staatsanwaltschaft bei dem sachlich zuständigen Gericht (§ 170 Abs. 1 StPO) vorgelegt wird. In diesem Verfahrensstadium wird nun durch das zuständige Gericht untersucht, ob ein hinreichender Tatverdacht besteht. Ein solcher liegt vor, wenn gemäß der Aktenlage eine Verurteilung wahrscheinlicher ist, als ein Freispruch. Ist dies der Fall, wird das Hauptverfahren eröffnet (§ 199 Abs. 1, § 203 StPO). Das Gericht kann gemäß § 202 StPO auch weitere Aufklärung anordnen und die ermittelnden Finanzbehörden diese Anordnungen ausführen lassen. Letztlich kann das Gericht gemäß § 204 StPO beschließen, das Hauptverfahren nicht zu eröffnen.
Zudem besteht die Möglichkeit, das Verfahren bspw. wegen Geringfügigkeit nach § 153 StPO einzustellen. In diesem Fall muss der Täter gewisse Auflagen, die insbesondere der Wiedergutmachung des angerichteten Schadens dienen, akzeptieren (§ 153a StPO).
Bezüglich der Mitwirkung der Finanzbehörde im Verfahren ordnet § 406 AO an, dass die Finanzbehörde in einem Strafbefehlsverfahren oder in einem selbstständigen Verfahren solange die Aufgaben der Staatsanwaltschaft wahrnimmt, bis im Strafbefehlsverfahren eine Hauptverhandlung anberaumt oder Einspruch gegen den Strafbefehl erhoben wird. Im Fall des selbstständigen Verfahrens nimmt sie die Rechte der Staatsanwaltschaft wahr, solange nicht eine mündliche Verhandlung beantragt oder angeordnet ist (§ 406 Abs. 2 AO).