Die strafbefreiende Wirkung einer wirksamen Selbstanzeige gemäß § 371 Abs. 1 AO verleitet schnell dazu, die mit der Erstattung der Selbstanzeige verbundene Nebenfolgen zu übersehen oder zumindest nicht zu bedenken. Tatsächlich ist es aber so, dass eine Selbstanzeige nichts daran ändert, dass der Täter eine tatbestandsmäßige Straftat begangen hat und tateinheitlich begangene oder durch die Selbstanzeige offen gelegte andere Straftaten nicht außer Acht bleiben.
Es gilt immer zu bedenken, dass sollten mit der Steuerhinterziehung weitere Straftaten verwirklicht worden sein, diese mit der Selbstanzeige offen gelegt werden könnten und folglich eine strafrechtliche Verurteilung bezüglich dieser Taten eine Nebenfolge der Selbstanzeige sein kann. Solche Straftatbestände sind zum Beispiel die Korruption (§§ 299, 331 ff. StGB), Untreue (§ 266 StGB), Urkundenfälschung (§ 267 StGB) und der Betrug (§ 263 StGB).
Zudem drohen bei bestimmten Berufsgruppen berufsrechtliche Maßregelungen, die im schlimmsten Fall zur Entfernung aus dem Beruf oder zum Widerruf der Approbation führen können und zumindest in einer Degradierung bestehen. Hierzu zählen Beamte, Angestellte des öffentlichen Dienstes, Steuerberater, Rechtsanwälte, Wirtschaftsprüfer und Ärzte sowie auch Bankvorstände und -geschäftsleiter.
Auch kann eine Selbstanzeige individuelle Konsequenzen wie die Gewerbeversagung auf Grund von Unzuverlässigkeit oder die Versagung der steuerlichen Unbedenklichkeitsbescheinigung oder Restschuldbefreiung nach sich ziehen. All dies sollte im Vorhinein bedacht und in die Betrachtung der Sinnhaftigkeit einer Selbstanzeige mit einbezogen werden.