DBA enthalten regelmäßig Klauseln, die ungewollte Folgen des Anrechnungs- und Freistellungsprinzips verhindern sollen. Es kann sich dabei um Klauseln handeln, die Qualifikationskonflikte lösen sollen, um Doppelbesteuerungen und -freistellungen zu verhindern, oder um Klauseln, die die Wirkung einer Verteilungsnorm betreffen, etwa weil der berechtigte Staat tatsächlich nicht besteuert. Weiterhin gibt es Klauseln in DBA, die Missbrauch verhindern sollen; dieses Buch sieht für dieses Thema in Verbindung mit den nationalen Missbrauchsklauseln ein eigenes Kapitel vor unter V. „Missbrauchsdiskussion“.
Bei der Anwendung von DBA kann es zu verschiedenartigen Konflikten kommen. Bei einem Subsumtionskonflikt besteht Uneinigkeit über in dem DBA verwendete Begriffe (z. B. was ist eine typische oder atypische Beteiligung im Sinne des DBA? Sind Erträge Zinsen oder Dividenden im Sinne des DBA?). Bei einem Klassifizierungskonflikt besteht Uneinigkeit über die Abkommensberechtigung einer Person (z. B. die Frage der Abkommensberechtigung von Personengesellschaften). Bei einem subjektiven Zurechnungskonflikt wird die Frage, welcher Person Einkünfte nach dem DBA zuzurechnen sind, unterschiedlich beantwortet. Ein weiterer subjektiver Zurechnungskonflikt ist die Frage, ob Einkunftsteile als inländische oder ausländische Einkünfte zu qualifizieren sind, z. B. bei der Frage der Gewinnabgrenzung zwischen Stammhaus und Betriebsstätte.
Eine Lösung dieser Konflikte erfolgt durch autonome Auslegung durch nationale Gerichte/Behörden, durch Verständigungsverfahren, durch Schiedsverfahren, durch den Kommentar zum OECD-MA oder eben durch besondere DBA-Klauseln.