Rechtsmittel gegen die Durchsuchung ist zum einen die Beschwerde nach § 304 Abs. 1 StPO beim Gericht. Sofern der Beschluss einen Mangel hat, ist er aufzuheben.
Bei Durchsuchungen wegen Gefahr im Verzug kann gemäß § 98 StPO ein Antrag auf richterliche Entscheidung gestellt werden.
Entscheidungen zu derartigen Beschwerden bzw. Anträgen werden oft erst ergehen, wenn die Durchsuchung faktisch beendet ist. Das Gebot effektiven Rechtsschutzes gemäß Art. 19 Abs. 4 GG gebietet, dass eine Beschwerde nicht auf Basis dessen als unzulässig verworfen werden darf, dass die Durchsuchung vollzogen wurde und sich die angegriffene Maßnahme damit erledigt hat.
Die sogenannte verdeckte Online-Durchsuchung, also die heimliche Durchsuchung der im Computer eines Beschuldigten gespeicherten Dateien mit Hilfe eines Programms, das ohne Wissen des Betroffenen aufgespielt wurde, ist nach der Strafprozessordnung unzulässig. Es fehlt an der für einen solchen Eingriff erforderlichen Ermächtigungsgrundlage in der StPO. Auch das Gesetz zur Neuregelung der Telekommunikationsüberwachung und anderer verdeckter Ermittlungsmaßnahmen erlaubt die heimliche Online-Durchsuchung nicht.